多年前，人类凭借“爆破天空”号超级战舰，在南极击败了“哥斯拉”，并将“哥斯拉”封在地下。但除了Gogilla，地球上还有许多怪物，它们捕食人类的主要城市。于是，人类成立了地球国防部，专门对付各种怪物的入侵。地球国防部最强大的成员是封印了哥斯拉的飞船和它的船长道格拉斯·戈登上校。此外，为了应对怪物给人类带来的问题，地球防卫部特别挑选了具有特殊能力的人类，这些超人拥有普通人所没有的M染色体，使这些人类拥有比普通人更强的体力和敏捷性，以应对怪物的攻击，其中最优秀的就是尾崎真司少尉。不久前，人们挖出了一个巨大的怪物的遗骸，这个怪物具有机械和生物的性质，人们怀疑这种能将生物和机械结合起来的怪物应该来自外太空。不久，尾崎真司收到了来自婴儿岛小美人的警告，这个怪物是当年被魔斯拉封印到盖帮的，盖帮的出现代表着人类的危机。在掩体被挖出后不久，世界各地突然同时遭受了主要怪物的袭击，这让地球国防部忙得不可开交。但是突然出现的神秘飞机把这些怪物都带走了。这些外星访客，自称为X人，宣称自己是人类的朋友，与人类建立联盟，并声称一颗巨大的行星即将撞击地球。然而，在尾崎和道格拉斯等人的调查下，发现并没有神秘的行星撞击地球。这些怪物基本上是被外星人入侵地球释放的，X人基本上想把人类当食物。虽然外星人的真实本性已经被揭露，但外星人拥有令人难以置信的超能力，并且在外星人的指挥下有巨大的怪物。地球防御军最终被消灭，只剩下爆炸天空幸存下来。这时，道格拉斯想出了一个大胆的计划，就是打开南极的封印，让地球上最强大的怪物——哥斯拉，来面对外星入侵者....